經府院黨連夜協商，行政院院會昨（26）日通過重新開徵證券交易所得稅方案。個人部分，課稅門檻、扣除額提高到400萬元；稅率由20%改為15%至20%彈性區間內，由行政院視情況訂定；各方拉鋸的證交稅率，暫時按兵不動，但由列為費用減除改為稅額半數扣抵證所稅，形同實質調降稅率。
此舉代表千分之3的名目證交稅率，行政部門會全力捍衛，不可能再調降。換句話說，按行政院版本，開始課稅後全年股票等獲利總和，未超過申報門檻400萬元的免繳證所稅者，交易稅率仍維持千分之3；但高獲利且需繳交證所稅者，交易稅率等同減半降為千分之1.5，以回應社會要求「證所稅與證交稅不重複課徵原則」。
至於法人部分，維持財政部版本，納入最低稅負制，課稅門檻、扣除額自現行200萬元降至50萬元；法定稅率級距自10%至12%，調高為12%到15%，實際適用稅率則由10%調高為12%。
此外，個人（自然人）只針對證券交易所得課稅，期貨交易所得不課稅。
行政院版本將送立院審議，目前已有四位國民黨籍立委提案，民進黨團與親民黨團也將各提版本，預計最快下周出爐，合計共有七個方案。國民黨財政委員會召委盧秀燕表示，由於本會期將於5月底結束，證所稅要等到下會期（9月開始）才能處理，估計甚至要到11月。
行政院長陳冲指出，這次修法，兼顧量能課稅與市場穩定兩原則，可建立制度，對未來市場將有長遠影響，財政部應加強與立法院朝野各黨團、外界充分溝通。
財政部長劉憶如表示，全案希望在立法院下會期（即11月）完成修法，民國102年上路，103年報稅時適用。她認為，由於長期以來未課徵證所稅，稅額估計不易，如採取最保守的估計，證所稅稅收可望淨增加新台幣100億元，受影響人數約2萬人。
據券商公會提供給財政部的數據，目前股市開戶數約1,200萬戶，扣除重複開戶，以人次計算約為890萬戶，每年至少一筆交易者約330萬戶，每個月至少交易一次120萬至140萬戶。當課徵門檻提高至400萬元時，受影響人數絕對小於1%，最多就是2萬多人。
對於個人課稅門檻為何由300萬元提高到400萬元，劉憶如說，是因金管會希望降低對股市衝擊，因此設定受影響戶數在1%以下，推算出課稅門檻為400萬元。
個人證所稅= (證券交易所得-扣除額)x稅率-抵扣額
申報門檻升高
個人證券資本利得的「申報門檻」調高為400萬元。即個人全年全戶證交所得達到400萬元者，須申報證所稅；低於400萬元，無申報義務。
不過，非居住者的證所稅申報門檻只有200萬元，包括一個課稅年度在台停留未逾183天，或無住所且無經常居住事實的「外國人」，在台灣賺得的資本利得超過200萬元，就要報稅。
政院版所訂申報門檻400萬元，較財政部版原規劃的300萬元高。估計全台每月都有買賣交易的開戶數約為330萬戶，獲利超過400萬元者約近1%，即有二、三萬戶未來需要申報證所稅。
扣除額上調
「扣除額」是未來證券資本利得最重要的減項，可達到降低證所稅的目的。政院版將居住者的證交所得扣除額調高至400萬元，較財政部版300萬元為高；但非居住者的扣除額降為200萬元。
舉例來說，全年證券交易所得扣除取成本與必要費用的餘額是500萬元，達到應申報證券交易所得的400萬元門檻，在計算應納證所稅之前，可以500萬元減掉400萬元「扣除額」，得出100萬元後再計算稅負。
浮動稅率
證券資本利得稅率包括法人與個人的法定稅率，訂有上、下限，授權由行政院視經濟環境訂定實際的施行稅率。
個人法定稅率訂於所得稅法中，稅率介於15%到20%間；營利事業則納入所得基本稅額條例（最低稅負），稅率為12%到15%。未來法人的證所稅施行稅率預定為12%，個人則規劃為15%。
證交稅額扣抵制
政院版方案最大的不同，即是准許納稅人可將已繳納的千分之3證券交易稅半數，列為「應納證券交易所得稅」的減項。經由「以稅抵稅」，千分之3的交易稅率等同折半。
例如應納證所稅額是100萬元，但已納證交稅是30萬元，證交稅的一半即15萬元，可從100萬元扣抵，按餘額85萬元繳稅即可，合計證交稅與證所稅的總稅負是115萬元（85萬元+30萬元）。
個人免課期所稅
個人期貨交易所得未來不必課徵期貨交易所得稅，與期貨交易相關的手續費、期貨交易稅與交易虧損，也不能扣除股票現貨的利得。對藉由期貨交易降低現貨投資風險者而言，其證券交易的損益有失真的可能。
舉例來說，在股票現貨市場賺進1,000萬元的投資人，但在期貨市場的避險損失達800萬元者，依政院版所訂原則，800萬元期貨避險損失不得自1,000萬元現貨所得中扣減。
換言之，同一投資人在現貨與期貨市場的交易的實際總獲利200萬元（1,000萬-800萬元），原本未達400萬元證所稅申報門檻。但排除對期貨交易課稅後，同一投資人的資本利得仍為1,000萬元；反之，對只從事期貨投資者，不論期貨交易所得高低，未來仍可保有免稅優惠。
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